Dans la grotte Chauvet, les restes organiques que l’on peut étudier n’appartiennent pas à des humains mais à des ours, des bouquetins, des loups, des chauves-souris et des rongeurs. On trouve principalement des os et des coprolithes (excréments fossilisés).
L’échantillon appelé CCH3, issu d’un coprolithe trouvé dans la salle Hillaire s’est révélé très riche en information. Il montre la multiplicité des données qu’il est possible d’extraire mais également les précautions et les vérifications qu’il faut entreprendre. Les analyses génétiques sont largement popularisées, notamment celles qui concernent les enquêtes policières ou les recherches de parenté. Il s’agit ici de préciser, nuancer et donner une vision juste et concrète de la façon dont on procède dans le cadre de la paléontologie.
Les travaux se heurtent en effet à de nombreuses difficultés. Les échantillons dont on dispose sont très anciens, l’ADN y est dégradé et en toute petite quantité. Ici, le coprolithe a été daté au carbone-14 grâce aux os des rongeurs qui se trouvaient dedans. Il remonterait à 35 000 ans ! Autre difficulté, il faut faire des suppositions sur les espèces dont émane l’échantillon car les fragments sont souvent de taille insuffisante pour que leur morphologie indique clairement qui en était propriétaire. Enfin, il s’agit d’espèces anciennes, parfois éteintes pour lesquelles les informations peuvent être lacunaires. Malgré tout cela, le coprolithe a livré des informations précises. L’ADN mitochondrial majoritaire appartenait à une espèce de canidé aujourd’hui éteinte et apparentée à des loups contemporains dont les restes ont été découverts en Belgique. De l’ADN mitochondrial d’ours des cavernes a également été trouvé dans le coprolithe. Manifestement, ce canidé, un loup, avait consommé de l’ours des cavernes ! Et ces restes d’ours provenaient bien du bol alimentaire du loup, car l’ADN n’était présent que dans le coprolithe et pas dans les débris à proximité ! Enfin, l’ADN nucléaire du coprolithe a également été étudié et a montré que le loup était une femelle.