Dans la grotte Chauvet, les études de chaque discipline ne se font pas côte à côte avec des zones d’investigation distinctes. Dès l’établissement de la première équipe de recherche en 1998, Jean Clottes, alors directeur scientifique, réunit une équipe multidisciplinaire allant bien au-delà des chercheurs et chercheuses « pariétalistes ». Cette approche était innovante et c’est la première fois dans le domaine de la préhistoire (science jeune, née au début du XXe siècle) que l’on voyait des chercheurs d’univers variés former l’équipe de recherche d’un site préhistorique.
Aujourd’hui, cela est toujours vrai. Carole Fritz, actuelle directrice (qui faisait partie de l’équipe de Jean Clottes), cultive cette interdisciplinarité et en connait la valeur. Les recherches s’effectuent conjointement, elles s’enrichissent les unes les autres, les informations sont partagées, corroborées, et articulées. Les supports de recherche produits sont alors totalement pluridisciplinaires et sont examinés ensemble par les scientifiques des différentes disciplines. C’est en particulier le cas des images 3D et l’un des objectifs du Système d’information géographique*. Ces disciplines scientifiques font également appel à des techniques et des compétences issues de matières étudiées au collège, au lycée et à l’université comme la chimie, la physique, la biologie, l’informatique, les mathématiques, l’histoire, la géographie et les sciences numériques.